Futbolista que tant jugava en posició d’extrem, d’interior o com a mitjapunta. Era un jugador molt tècnic que va començar a l’Aleví del Club, amb 10 anys, i va anar passant per totes les categories inferiors. Al Barça B va formar part de la coneguda com “La lleva del mini” on hi havia jugadors com l’Oscar i el Roger Garcia Junyent, Toni Velamazán, Celades, Quique Álvarez o Ivan De La Peña.

Va ser membre del primer equip durant una temporada (1995-96) amb una actuació destacada en un partit de Copa en què va marcar dos gols davant del Numancia. Posteriorment va tornar al Barça B, i després va jugar en altres equips de la Segona Divisió. Al 2010 va penjar les botes al FC Cartagena.

Després d’una llarga etapa a les categories inferiors del FC Barcelona i d’arribar fins al darrer esgraó jugant amb el filial, Juan Carlos Moreno va debutar amb el primer equip en la primera jornada de la campanya 1995-1996. Va ser al Nuevo José Zorrilla davant del Valladolid. Johan Cruyff li va donar l’alternativa fent-lo entrar a la gespa en el minut 40 substituint al lesionat Ángel Cuellar. El Barça va acabar guanyant per 0 gols a 2. De l'etapa de Moreno al Barça es recorda, especialment, l'eliminatòria de Copa del Rei del 1996 davant del Numància. Al partit d’anada, disputat a Los Pajaritos, els de Cruyff van empatar 2-2. Les dues dianes van ser obra de, l'aleshores, davanter de només 20 anys Juan Carlos Moreno. Malgrat les seves bones actuacions cada cop que participava amb el primer equip, la temporada següent va tornar al filial, ja que es van fitxar a molts jugadors i la competència era molt gran. El curs 1997-1998 va marxar finalment del club per seguir competint a l’Albacete de Segona Divisió. Després d’un any va tornar a Catalunya per posar-se la samarreta del Lleida on va firmar per 3 temporades, tot i que entremig va anar cedit un curs al Recreativo de Huelva. Dues etapes breus a l’Extremadura i al Terrassa van ser l’avantsala del seu fitxatge pel club on més temporades va jugar i on va assolir la regularitat tan esperada en tot futbolista, el Numància. Allà es va proclamar campió de la Segona Divisió A l’any 2008. Després de set anys a Sòria, el darrer participant com a cedit al FC Cartagena, Juan Carlos Moreno va retirar-se del futbol el 2010.