El seu bon rendiment al Mini el va dur a fer el salt al Camp Nou amb l’arribada de Frank Rijkaard a Barcelona. Amb Víctor Valdés a l’equip, Albert Jorquera va tenir poques oportunitats de defensar la porteria en les sis temporades que va jugar al primer equip. Malgrat tot va poder participar en un dels millors i més exitosos equips de la història, guanyant dues Champions League i el famós triplet del primer any de Pep Guardiola a la banqueta.

Albert Jorquera va posar els peus al Barça per primera vegada en edat juvenil. D’allà aniria passant pels equips superiors, els aleshores Barça C i Barça B. Quan encarava el seu segon any al filial, va marxar cedit primer al Ceuta de 2aB i la temporada següent al CE Mataró, també en qualitat de cedit. En arribar de nou del Barça B, la temporada 2002-2003 va erigir-se com a titular indiscutible. En la temporada de l’estrena amb el primer equip, Frank Rijkaard el va alinear en l’onze del partit que el Barça va empatar a un contra l’Athletic Club a l’estadi. Era el 17 de gener del 2004. Aquella temporada també jugaria un partit davant de l’Atlètic de Madrid, un mes després, amb resultat de tres a u pel Barça. Aquell any va compartir porteria amb Víctor Valdés i Rustu. Les altres cinc temporades que va ser al primer equip no va tenir gaires oportunitats, ja que Valdés va oferir un rendiment formidable. Al desembre del 2007 va patir una greu lesió en un partit amb la selecció catalana que el va mantenir allunyat dels terrens de joc durant la resta de la competició. El Barça, aleshores, es va reforçar amb José Manuel Pinto, que venia procedent del Celta. La temporada següent (2008-2009) i ja amb Guardiola a la banqueta, va jugar només un partit oficial, el que tancava la fase de grups de la Champions League contra el Xakhtar ucraïnès. L’any següent va fitxar pel Girona, on, després d’una temporada, s’acabaria retirant l’any 2010. 

Palmarès:

3 Lligues (2004-2005, 2005-2006 i 2008-2009)

2 Champions (2005-2006 i 2008-2009)

1 Copa del Rei (2008-2009)

2 Supercopes d’Espanya (2005-2006 i 2006-2007)